工程中心主要依托西南大学“农学与生物科技学院”，整合“工程技术学院”、“资源环境学院”、“生命科学学院”等相关单位优势力量，组建新的工程中心；另有四川种业集团、重庆中一种业有限公司等龙头企业参与建设。

工程中心设立技术委员会，由3名院士和8名国内知名专家组成，负责工程中心建设和运行过程中的技术支持和决策咨询。工程中心实行技术委员会指导下的主任负责制，主任由西南大学科研工作领导小组聘任，新组建的工程中心主任由西南大学实验室建设与设备管理处处长、农业科学研究院副院长卢坤教授担任，另外，聘任两名副主任，由工程技术学院院长谢守勇教授、农学与生物科技学院副院长曲存民教授担任。工程中心成立综合办公室、研发部和产业化部三个主要部门，各部门分工明确，协同运行，打通科研成果从研发到推广应用过程中的各种壁垒，促进完整产业化链条的形成。