西南山地粮油作物教育部工程研究中心于2009年经教育部批准筹建，2018年通过验收正式对外开放。工程中心现任主任卢坤教授，技术委员会主任康振生院士。

工程中心以国家战略需求为导向，针对我国南方山地农业面临的地块破碎、机械化水平低、生态环境脆弱、逆境胁迫多、水土流失严重、化肥和农药过量使用等问题，在适应南方山地生产和生态环境的“高产优质多抗耐瘠新品种选育与推广、山地农业可持续发展工程与技术、丘陵山地农业资源高效利用工程”领域进行技术研发、集成示范和工程化应用。

工程中心现有固定人员72人，其中正高级职称45人，副高级职称22人，学术背景涉及作物遗传育种、作物栽培与耕作、农业机械工程、植物营养、农业面源污染治理等多个领域。工程中心现有1个科技部重点领域研创团队，2个重庆市创新团队。国家级人才7名，省部级人才21名。其中，长江学者1人次、国家万人计划领军人才4人次、神农领军人才2人次、新世纪百千万工程国家级人选2人次、万人计划青年拔尖人才1人次、神农青年英才2人次。

在教育部、科技部、农业农村部和依托单位支持和关怀下，经过十余年的建设，工程中心已成为我国南方山地农业技术研发、理论创新、人才培养、技术集成和产业化推广的重要平台，是我国南方山地农业绿色高效生产技术体系最重要的研发和中试基地。

2018-2022年，工程中心先后承担国家重点研发计划项目等科研项目240项，成果转化和技术服务项目162项，累计科研经费2.4亿元。获“全国农牧渔业丰收奖一等奖”和“重庆市自然科学奖一等奖”等科技奖励20项、国家发明专利91项；育成农作物新品种71个，累计推广应用5000多万亩，为南方山地农业高质量发展作出了重要贡献。工程中心支撑依托单位生物学入选国家第一轮和第二轮“双一流”建设学科，支撑“农业科学”进入全球前1‰，“工程学”进入前3‰，“环境/生态学”进入前5‰，为支撑学科进入国际高水平学科行列奠定了坚实基础。

工程中心以解决山地农业中主要粮食经济作物的高效安全生产、提质增效为目标，从新基因、新品种、新农作制度和新工程等方面凝练三个研究方向：（1）西南山地粮油作物育种资源创新；（2）西南山地粮油作物新品种选育与推广；（3）西南山地粮油作物高效栽培模式与装备研发。充分利用依托单位的研究优势和区位优势，针对西南地区的特殊生态条件和粮油种质资源，研发资源创制新技术，积累优异育种新材料，培育适宜西南山地生产的粮油作物新品种，并配套新品种高效栽培生产技术，研制智能农机装备，形成从技术创新、新品种培育到高效生产，从试验示范到大面积推广应用的产业化创新模式，用于满足西南山地农业的重大生产需求，在行业领域持续发挥辐射带动作用。